В базе имеются лишь ЭСФ, получившие регистрационные номера.

Просим проверить ваши отправленные СФ еще раз по всем фильтрам на портале (получили ли они регистрационные номера). В случае отсутствия СФ в системе Вам необходимо выписать их заново. После подписания и отправки счет-фактура проходит форматно-логический контроль. После проверки ФЛК счет-фактура отправляется либо в раздел Отправленные, либо в раздел В работе - Ошибочные. Если счет-фактура будет отправлен в раздел Ошибочные, то открыв данный счет-фактуры Вы сможете обнаружить ошибки, по причине которой он попал в данный раздел.