«Салық және бюджетке төленетін басқа да міндетті төлемдер туралы» Қазақстан Республикасының Кодексін қолданысқа енгізу туралы» Қазақстан Республикасы Заңының 33-бабында жазылған қолданыстағы редакциясындағы (бұдан әрі – Енгізу туралы Заң) «Салық және бюджетке төленетін басқа да міндетті төлемдер туралы» 2017 жылғы 25 желтоқсандағы № 120-VI ЗРК Қазақстан Республикасы Кодексінің (Салық кодексі)  342-бабы 1-тармағының 4) тармақшасына сәйкес жеке тұлғаның өзге салықтық шегерімдер (бұдан әрі – өзге шегерімдер), сонын ішінде медицинаға арналған салықтық шегерімді қолдануға құқығы бар.

«Халық денсаулығы және денсаулық сақтау жүйесі туралы» Қазақстан Республикасының Кодексінің (бұдан әрі  –  Денсаулық туралы кодекс) 1-бабының 74) тармақшасына сәйкес медициналық қызметтер көрсету – денсаулық сақтау субъектілерінің нақты адамға қатысты профилактикалық, диагностикалық, емдеу, оңалту немесе паллиативтік бағыты бар іс-қимылы

Денсаулық туралы кодекстің 1-бабының 70) тармақшасына сәйкес медициналық көмек – халықтың денсаулығын сақтауға және қалпына келтіруге, сондай-ақ емделмейтін аурулардың ауыр белгілерін жеңілдетуге бағытталған медициналық қызметтер көрсетудің дәрілік көмекті қамтитын кешені.

Денсаулық туралы кодекстің 52-бабының 2-тармағына сәйкес қалпына келтіру емі және медициналық оңалту денсаулық сақтау ұйымдарында, сондай-ақ санаториялық-курорттық ұйымдарда жүргізіледі.

Денсаулық туралы кодекстің 44-бабының 7) тармақшасына сәйкес медициналық көмек, оның ішінде қалпына келтіру емі және медициналық оңалту түрінде көрсетілуі мүмкін екендігі белгіленген.

Бұл ретте, Денсаулық туралы кодекстің 52-бабының 1-тармағына сәйкес қалпына келтіру емі және медициналық оңалту туа біткен және жүре келе пайда болған аурулардан, сондай-ақ қатты, созылмалы аурулар және жарақаттар салдарынан зардап шегетін азаматтарға көрсетіледі.

Подпунктом 1) пункта 2 статьи 342 Налогового кодекса, действующим в редакции, изложенной статьей 33 Закона о введении, установлено, что налоговые вычеты подлежат применению налоговым агентом – по доходам, подлежащим налогообложению у источника выплаты, в порядке и случаях, предусмотренных статьей 343 Налогового кодекса. Салық кодексінің 342-бабы 2-тармағының 1) тармақшасы, Кірісу туралы заңның 33-бабына енгізілген, салық шегерімдері салық агентінің қолдануға жататындығын - төлем көзінен салық салынатын табысқа, Салық кодексінің 343-бабында көзделген тәртіппен және жағдайларда қолданылуға тиіс деп белгілейді. .

Енгізу туралы Заңының 33-бабында жазылған қолданыстағы редакциясындағы Салық кодексінің 343-бабының 1-тармағына сәйкес міндетті зейнетақы жарналары түріндегі салықтық шегерімді және осы Кодекстің 345-бабының 1-тармағында көрсетілген зейнетақы төлемдері бойынша салықтық шегерімді қоспағанда, салық агенті салықтық шегерімдерді төлем көзінен:

1) жеке тұлғаның салықтық шегерімдерді қолдану туралы өтініші;

2) растайтын құжаттардың көшірмелері негізінде қолданады. Мұндай көшірмелер осы Кодекстің 48-бабының 2-тармағында белгіленген талап қоюдың ескіру мерзімі ішінде салық агентінде сақталады.

Енгізу туралы Заңының 33-бабында жазылған қолданыстағы редакциясындағы Салық кодексінің 348-бабының 3-тармағына сәйкес Медицинаға арналған салықтық шегерім күнтізбелік жылға айқындалған айлық есептік көрсеткіштің 94 еселенген мөлшерінен аспайтын мөлшерде қолданылады.

Бұл ретте медицинаға арналған салықтық шегерімнің және осы Кодекстің 341-бабы 1-тармағының 18) тармақшасына сәйкес жеке тұлғаның медициналық көрсетілетін қызметтерге (косметологиялықтан басқа) шығыстарын жабу үшін кірісті түзетудің жалпы сомасы күнтiзбелiк бiр жылдағы жиынтығында республикалық бюджет туралы заңда белгіленген және тиісті қаржы жылының 1 қаңтарына қолданыста болатын айлық есептік көрсеткіштің 94 еселенген мөлшерінен аспауға тиіс.

Енгізу туралы Заңының 33-бабында жазылған қолданыстағы редакциясындағы Салық кодексінің 348-бабының 4-тармағына сәйкес Медицинаға арналған салықтық шегерімді қолдану үшін мыналар растайтын құжаттар болып табылады:

 1) жазбаша нысанда жасалған жағдайда – медициналық көрсетілетін қызметтердің құны бөліп көрсетілген ақылы медициналық қызметтерді көрсетуге арналған шарт;

2) медициналық көрсетілетін қызметтердің құны туралы ақпаратты қамтитын үзінді көшірме;

3) медициналық көрсетілетін қызметтерге ақы төлеу фактісін растайтын құжат.

Жоғарыда айтылғандар негізінде, қызметкер жұмыс берушіге өтініш және растайтын құжаттарды ұсына отырып, 1 тармақтың 18) тармақшасына сәйкес жұмыс берушінің медициналық қызметке (косметикалық қоспағанда) шығындарын жабу үшін кірісті түзету мөлшерін ескере отырып, дәрі-дәрмекке салық шегерімін 94 АЕК-тен аспайтын мөлшерде қолдануға құқылы. Салық кодексінің 341-бабы.